정부는 북한이 주장한 남북 비밀접촉 내용에 대해 일방적 주장이라고 반박했다. 통일부 당국자는 돈 봉투 운운에 대해 “황당한 얘기”라면서 “그런 것은 없다”고 부인했다. 천안함ㆍ연평도 사건에 대해 남측이 북측에 형식적 사과를 구걸했다는 주장에 대해서도 일축했다. 통일부 당국자는 “이번 접촉에서 천안함ㆍ연평도 사건에 대해 시인 사과와 재발방지를 분명하고 확고하게 요구했다”면서 “우리가 정상회담에 연연해서 입장을 수정한 것처럼 사실을 왜곡해서 발표했다”고 밝혔다.
  
  “현재 남북관계에서 가장 중요한 현안은 천안함ㆍ연평도 문제로, 이에 대해 시인 사과하고 재발방지를 약속하면 그 바탕 위에서 남북관계가 잘 풀릴 수 있고, 풀리는 형식의 하나로 고위급 회담이나 정상 회담이 될 수 있다고 얘기해왔다. 북한의 답변을 기다리고 있었던 상황이다. 지난 달 30일 국방위 대변인 성명과 오늘 국방위 대변인 답변을 통해 부정적 입장을 밝힌 것으로 이해한다. 남북관계에서 이런 폭로는 사실상 처음으로 보인다. 복잡한 내부 사정이 있는 것으로 추정된다.”