동아일보 2004년 7월7일자 기사는 <의문사 진상규명법을 개정해 ‘대한항공(KAL)기 폭파사건’을 재조사하도록 하겠다는 여당의 방침에 대해 법적 논란이 일고 있다>고 보도하였다. 대법원 판결을 통해 ‘사실 관계’가 확정된 사안에 대해 국가기관이 다시 조사하는 것이 사법부 독립과 법적 안정성을 침해할 수도 있다는 주장이 제기되고 있다는 요지였다.
  
  <1987년 11월 29일 미얀마 안다만 해역 상공에서 사라진 KAL 858기 사건에 대해 대법원은 ‘북한 김정일의 지령에 의한 폭파 사건’으로 규정했다. 대법원은 1990년 3월 이 사건 주범으로 기소된 김현희씨에게 사형을 선고하면서 이같이 밝혔다. 김씨는 한 달 뒤 당시 노태우(盧泰愚) 대통령의 특별사면으로 풀려나 안기부 촉탁직원으로 채용됐다>고 보도한 이 신문은 당시 여당인 열린당이 KAL기 재조사에 앞장 섰다고 지적한다.
  
  <열린우리당 천정배(千正培) 원내대표는 4일 의문사 진상 규명법을 개정해 이 사건도 조사대상에 포함시키겠다고 말했다>는 것이다. 법조인들은 조사를 위해 법을 개정하거나 새 법을 제정하는 것 자체가 헌법에 위반되지는 않지만 사법부가 이미 확정판결을 내린 사안에 대해 재조사하면 법적 안정성을 해칠 수도 있다는 우려를 나타냈다.
  
  로펌(법률회사) 소속의 중견 변호사는 “대법원의 확정판결에 문제제기를 하는 것은 국가기관 자체를 부정하는 것과 같다”고 했고, 검찰의 다른 간부는 “이미 확정판결 난 사안을 법조인 출신의 여당 원내대표가 법을 바꿔 조사하겠다니 어이가 없다”고 말했다.
  
  2001년부터 종북좌파 성향의 단체와 인사들이 '김현희는 가짜다'는 식의 과격한 주장을 해왔다. 2003년 11월18일 이들의 터무니 없는 억지를 근거 있는 것처럼 소개한 MBC 'PD 수첩' 방영 이후 탄력을 받은 재조사 운동이 이듬해 7월엔 열린당의 방침으로 승격하였다. 고영구 국정원장은 이 무렵엔 재조사에 반대하였으나 2005년에 가선 국정원 차원의 재조사를 허가하였다. 그는 안기부가 수사하고 대법원이 확정한 KAL기 사건의 진실을 의심하지 않았지만 親盧좌경세력과 방송, 그리고 여당 등 노무현 정권 세력의 총체적 공세에 직면, 자신의 소신을 바꾸지 않았나 추측된다.
  
  그 결과 국정원은 일종의 自我부정에 해당하는 재조사를 시작한 것이다. '해가 서쪽에서 뜬다'는 수준의 주장을 조사하는 데 막대한 국가예산이 들어갔다. 이 꼴을 구경하고 있었을 김정일, KAL기 폭파를 지령하였던 그 김정일이 자신을 누명 쓴 사람으로 만들어주려고 눈물겨운 노력을 하는 노무현 정권을 어떻게 생각하였을까?